À la demande du préfet de l’Ain, Louis Dupasquier cherche, retrouve puis restaure les caveaux de Brou : le « caveau princier » et les trois cercueils sont découverts en 1856, puis les travaux de restauration faits, la ré-inhumation a lieu en 1858.
Le cercueil de Philibert le Beau n’a pas été ouvert, ceux de Marguerite d’Autriche et de Marguerite de Bourbon, en très mauvais état, ont été remplacés.