Deux procès-verbaux rendent compte, l’un de la découverte du caveau et des trois cercueils en 1856, l’autre des travaux de restauration précédant la ré-inhumation des corps en 1858. Le cercueil intact de Philibert le Beau n’a pas été ouvert, ceux de Marguerite d’Autriche et de Marguerite de Bourbon, en très mauvais état, ont été remplacés.